При удалении параметров из проекта/семейства достаточно выбрать параметры для удаления, а также ознакомиться с предупреждением о возможном повреждении файла.
Для удобного выбора нескольких параметров можно воспользоваться Shift или Ctrl, при этом с зажатой клавишей Shift/Ctrl необходимо кликать правее чек-бокса.